Сибирские ученые придумали, как быстро анализировать форму клеток эпидермиса

Сотрудники ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» совместно с коллегами из Института систем информатики им. А. П. Ершова СО РАН и Новосибирского государственного университета разработали программу LSM-W2. Данный подход можно будет использовать при оценке новых сортов растений для сельского хозяйства.

Программа позволяет извлекать данные о морфологии поверхности листа из изображений, которые получены с применением лазерного сканирующего микроскопа. Изображение имеет несколько оптических разрезов, что дает возможность реконструировать трехмерную модель объекта. Так, можно обработать большой массив информации в сжатые сроки и на менее мощном компьютере.

Однако иногда для работы ученым нужны определенные клетки, а не вся информация из скана. Например, требуются данные о том, какие события, с какими клетками эпидермиса и с какой частотой происходили в процессе развития. Вручную измерять это невозможно, поэтому требуется автоматическая переработка изображения. Именно представленная программа содержит алгоритм, связанный со структурированием множественных сканов, поясняет один из авторов статьи научный сотрудник ФИЦ ИЦиГ СО РАН кандидат биологических наук Алексей Владимирович Дорошков.

Созданный коллективом авторов плагин позволяет перейти от трехмерной реконструкции к двухмерной структурной модели ткани, при этом он распознает нужные исследователям слои и клетки и визуализирует только их. Таким образом, с одной стороны, структурируется нужная информация, а с другой – уменьшается размер файлов, а значит, и необходимость в мощных вычислительных ресурсах.

Эта разработка в перспективе полезна в сельском хозяйстве при отборе линий растений, устойчивых к тем или иным условиям.

Фото: Алексей Дорошков