Разработан «умный пинцет» для микробиома, или как достать иголку из стога сена

Представьте себе, что вы выдергиваете одну иголку из стога сена, кишащего триллионами других. Именно этого и добились исследователи с помощью нового инструмента под названием mEnrich-seq. Этот «умный пинцет» позволяет ученым выделять и изучать конкретные штаммы бактерий в сложных микробиомах, открывая двери к прорыву в диагностике и лечении заболеваний.

Возможность секвенирования бактериальных геномов произвела революцию в нашем понимании этих крошечных соседей. Однако анализ целых микробиомов, часто состоящих из разнообразного оркестра микробов, может быть похож на прослушивание какофонии, когда не знаешь, на каком инструменте сосредоточиться. Именно здесь и проявляет себя mEnrich-seq.

Разработанный исследователями из Медицинской школы Икан при Маунт-Синай, mEnrich-seq использует ключевой «отпечаток пальца»: метилирование бактериальной ДНК. Подобно тому, как у людей есть родимые пятна, бактерии имеют на своей ДНК особые химические маркеры. mEnrich-seq распознает эти «секретные коды» и обогащает образцы для интересующих бактерий, эффективно заглушая фоновый шум.

Этот «пинцет» успешно извлек и секвенировал геномы E. coli из образцов мочи пациентов с инфекциями мочевыводящих путей. mEnrich-seq не только захватил более 99,97% геномов, но и сделал это с большей чувствительностью, чем традиционные методы, даже когда кишечная палочка присутствовала в мизерных количествах.

Но таланты mEnrich-seq выходят за рамки кишечной палочки. Исследователи также выделили и секвенировали неуловимую Akkermansia muciniphila — кишечную бактерию, связанную с ожирением и диабетом второго типа. Эта работа, ранее сложная из-за редкости бактерии, открывает путь к изучению ее роли в этих сложных заболеваниях.

Материалы новостного характера нельзя приравнивать к назначению врача. Перед принятием решения посоветуйтесь со специалистом.