L’aviaria nei bovini in Usa “circolava da mesi”, il mistero dell’infezione umana e il genoma virale sequenziato

Negli Usa, tra il bestiame, si sta ampiamente diffondendo un ceppo di aviaria altamente patogeno che secondo recenti analisi sarebbe in circolazione da mesi e al quale è stato legato anche un caso umano. Su Nature si dà conto delle prime analisi effettuate su dati genomici resi pubblici dal Dipartimento dell’Agricoltura degli Stati Uniti (Usda). […]

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Negli Usa, tra il bestiame, si sta ampiamente diffondendo un ceppo di aviaria altamente patogeno che secondo recenti analisi sarebbe in circolazione da mesi e al quale è stato legato anche un caso umano. Su Nature si dà conto delle prime analisi effettuate su dati genomici resi pubblici dal Dipartimento dell’Agricoltura degli Stati Uniti (Usda). Al momento, nonostante il caso in un essere umano registrato, gli scienziati non ritengono che l’epidemia nel bestiame consentirà al virus di acquisire la capacità di diffondersi ampiamente tra le persone, ma aggiungono che è importante essere vigili.

“Nella risposta a un’epidemia, più velocemente si ottengono dati, prima si può agire”, afferma Martha Nelson, epidemiologa genomica presso il National Center for Biotechnology Information (Ncbi) a Bethesda, nel Maryland sentita da Nature. La Nelson aggiunge che con ogni settimana che passa, la finestra per controllare l’epidemia si restringe. Il 25 marzo le autorità federali Usa hanno annunciato che nelle mucche da latte era stato rilevato un ceppo di influenza aviaria altamente patogeno. Successivamente l’Usda ha confermato l’infezione del ceppo denominato H5N1 in 34 allevamenti da latte in nove stati. Tra la fine di marzo e l’inizio di aprile, l’Usda ha pubblicato una serie di sequenze virali di mucche campionate in Texas e la sequenza di un caso umano, sull’archivio Gisaid.

Il 21 aprile, l’Usda ha pubblicato ulteriori dati di sequenziamento sull’archivio Sequence Read Archive (Sra). L’ultimo caricamento includeva circa 10 gigabyte di informazioni sul sequenziamento di 239 animali, tra cui mucche, polli e gatti, afferma Karthik Gangavarapu, biologo computazionale presso Scripps Research a La Jolla, che ha elaborato i dati grezzi. L’analisi dei genomi suggerisce che l’epidemia di bestiame è iniziata probabilmente con un singolo salto di specie a dicembre o all’inizio di gennaio. La Nelson, che sta analizzando i dati, afferma di essere rimasta molto sorpresa dall’entità della diversità genetica nel virus che infetta i bovini, il che indica che il virus ha avuto mesi per evolversi. Tra le mutazioni ci sono cambiamenti nella sezione della proteina virale che gli scienziati hanno collegato al possibile adattamento alla diffusione nei mammiferi, dice.

I dati mostrano anche saltuari “rimbalzi” dalle mucche infette agli uccelli e ai gatti. “Si tratta di un’epidemia multi-ospite”, afferma la Nelson. Gli scienziati non hanno informazioni sulla data precisa di raccolta di ciascun campione e sullo stato in cui è stato raccolto. Tali lacune informative sono “molto anormali”, afferma la Nelson. I “metadati” mancanti rendono più difficile rispondere a molte domande aperte, come ad esempio come il virus si trasmette tra le mucche, e rendono difficile stabilire esattamente quando il virus si è trasmesso alle mucche stesse dagli uccelli.

Queste informazioni potrebbero aiutare a controllare l’ulteriore diffusione del virus e a proteggere i lavoratori degli allevamenti di bestiame. I ricercatori vogliono anche effettuare più tamponi su bovini e uccelli selvatici per ottenere maggiori informazioni sull’origine esatta dell’epidemia e per decifrare un altro enigma. I dati genomici rivelano che il genoma virale sequenziato dalla persona infetta non include alcune delle mutazioni distintive osservate nei bovini. “Questo è un mistero per tutti”, dice la Nelson. Una possibilità è che la persona sia stata infettata da un ceppo virale separato, che ha infettato bovini non sottoposti a tampone. Un altro scenario meno probabile, che non può essere escluso, dice la Nelson, è che la persona sia stata infettata direttamente da un uccello selvatico. Shilo Weir, specialista in affari pubblici presso l’Usda, afferma che l’agenzia ha deciso di pubblicare così i dati della sull’Sra per renderli pubblici il prima possibile. Weir afferma che l’agenzia “lavorerà il più rapidamente possibile” per pubblicare file selezionati su Gisaid con informazioni epidemiologiche pertinenti e continuerà a rendere disponibili i dati grezzi sull’Sra su base continuativa.

Gianmarco Pondrano Altavilla

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