Использование систем CRISPR-Cas, связанных с транспозонами, существенно расширяет возможности генной инженерии
В новом исследовании учёные из Университета штата Северная Каролина (North Carolina State University) описывают ряд молекулярных инструментов для переписывания больших фрагментов ДНК организма. Инструменты основаны на системах CRISPR-Cas, связанных с транспозонами.
Авторы статьи, опубликованной в журнале Nucleic Acids Research, изучили различные системы CRISPR-Cas и применили их для добавления генетического груза — до 10 000 дополнительных букв генетического кода — к грузу транспозона, чтобы внести желаемые изменения в организм. Конкретно — в бактерию E. coli.
Бактерии используют CRISPR-Cas в качестве адаптивной иммунной системы, чтобы противостоять атакам врагов, таких как вирусы. Учёные адаптировали эти системы для вырезания и замены определённых последовательностей генетического кода в различных организмах. Сочетание же систем CRISPR-Cas с транспозонами позволяет экспоненциально увеличить перемещаемые с их помощью объёмы кода.
«В природе транспозоны кооптировали системы CRISPR, чтобы эгоистично перемещаться по геному организма и выживать. Мы, в свою очередь, кооптируем то, что происходит в природе, интегрируя с транспозонами программируемую систему CRISPR-Cas, способную перемещать генетический груз, который мы разрабатываем для выполнения определённой функции, — поясняет Родольф Баррангу (Rodolphe Barrangou), один из авторов исследования. — Используя этот метод, мы показали, что можем создавать новые геномы, перемещая фрагменты ДНК длиной до 10 000 букв. Природа уже делает это — биоинформационные данные показывают примеры перемещения системами CRISPR на основе транспозонов отрезков до 100 000 генетических букв. Но теперь мы можем контролировать эту систему и использовать её для генной инженерии».
Исследование показало эффективность метода как in vitro, на лабораторном стенде, так и in vivo, на E. coli. Чтобы проверить эффективность метода, исследователи отобрали десять различных транспозонов, ассоциированных с CRISPR. Подход сработал со всеми десятью.
«Было захватывающе обнаружить, что все протестированные нами системы остались функциональными после реконструкции их из естественных биологических форм в инструменты редактирования генома», — делится Эйвери Робертс (Avery Roberts), первый автор исследования.
Исследование также показало, что ничто не мешает использовать несколько разных транспозонов одновременно.
«Вместо всего лишь одного гена — как в случае с другими системами CRISPR, такими как более знакомая система Cas-9 типа II, — мы можем задействовать целый метаболический путь, чтобы включить в организм совершенно новый набор функций», — рассказывает Баррангу.
Глобальный руководитель отдела исследований семян компании Syngenta Гусуй Ву (Gusui Wu) впечатлён результатами исследования. «Мы, — сказал он, — в восторге от результатов и видим потенциал применения этих недавно открытых систем на культурных растениях для ускорения выведения более устойчивых и высокоурожайных сортов».