В вирусе SARS-CoV-2 обнаружили скрытый ген

Исследователи обнаружили загадочный ген в генетическом коде коронавируса SARS-CoV-2 — сегмент, практически скрытый от глаз и до сих пор в значительной степени упускаемый из виду.

Недавно идентифицированный ген — ORF3d — является примером того, что называется перекрывающимся геном: своего рода «геном в гене». Он эффективно скрывается в цепочке нуклеотидов из-за того, что перекрывает закодированные последовательности других генов.

Перекрывающиеся гены — это случаи записи, когда одним и тем же участком ДНК закодированы две и более (теоретически — до шести) белковые последовательности. Впервые они были открыты в 1976 году.

Перекрывающиеся гены сложно идентифицировать в генетических последовательностях, поскольку системы геномного сканирования часто могут пропускать их при просмотре строк генетического кода: они запрограммированы на выбор отдельных генов, но не обязательно видят всеобъемлющие конструкции, общие для нуклеотидов соседних генов в последовательности.

В контексте таких вирусов, как SARS-CoV-2, это может создать серьезную слепую зону. Ученые с начала этого года стремятся понять как можно больше об этом разрушительном вирусе, и хотя некоторые аспекты его генетической структуры были выяснены, многое еще остается неизвестным.

По словам Нельсона, еще многое предстоит узнать о том, почему ORF3d существует, скрывается в геноме и перекрывает другие гены. Сканируя геномные базы данных, исследователи обнаружили, что ген был идентифицирован раньше, но только в одном варианте коронавируса, поражающем панголинов.

Ранее он также был ошибочно классифицирован как неродственный ген ORF3b, который присутствует в других коронавирусах, включая SARS-CoV, но на самом деле это не одно и то же.

«Эти два гена не связаны и кодируют совершенно разные белки. Это означает, что знания о SARS-CoV ORF3b не следует применять к ORF3d SARS-CoV-2», — объясняет Нельсон.

Одна вещь, которую мы знаем о загадочном гене, основываясь на предыдущем анализе крови пациентов с COVID-19, заключается в том, что ORF3d действительно вызывает сильный ответ антител. Что касается того, будут ли запускаться Т-клетки — или какие еще вирусные цели может иметь перекрывающаяся ORF3d — мы все еще в неведении, говорит Нельсон.

По его словам, одно можно сказать наверняка: для вируса, который имеет всего около 15 известных генов, открытие еще одного, не говоря уже о перекрывающемся гене, является значительным достижением. Насколько оно важно, теперь попытаются выяснить ученые.