Игумен Ионафан II
Имея крепкое физическое здоровье, Иван работал с редким усердием и вниманием. Его отличало терпеливое и упорное стремление к самосовершенствованию в своей профессии. Вскоре ему была предложена ответственная должность в одной из механических мастерских. В свободное от работы время усердно посещал храм Божий, предавался чтению книг духовно-нравственного и аскетического содержания. Ежедневно читал в Четьи-Минеи житие тех святых, память которых совершалась в этот день. Этому правилу он не изменял всю жизнь, за редким исключением, когда препятствием становились крайне неотложные дела. Зная прекрасные качества Ивана, многие желали породниться с ним. Сам же он все чаще стал задумываться о мирской суете и о спасении души. Чем глубже размышлял он, тем больше свыкался с мыслью о монастыре, которая превратилась в конце концов в твердое намерение. Ивана затруднял лишь выбор монастыря. Помог ему случай. Однажды он отправился к вечерне в Казанский собор. Присев на скамью в храме, он заметил невдалеке от себя монаха. Вступив с ним в беседу и узнав, что он с Валаама, Иван попросил рассказать ему о монастыре. Увлекательный рассказ монаха о родной обители, о строгости монашеской жизни, зажег в сердце Ивана желание поступить именно в Валаамский монастырь. Встреча показалась ему перстом Божиего Провидения, указующим ему дальнейший путь, и он тут же, упав перед иконой Царицы Небесной, дал обет отправиться на Валаам.
Летом 1847 года Иван Дмитриев прибыл на Валаам. Находясь под впечатлением от увиденной красоты он отправился к игумену Дамаскину. Благодаря своей духовной опытности игумен сразу увидел в нем истинного монаха и с отеческой любовью благословил его остаться в монастыре. Иван был определен в ученики к опытному старцу монаху Памве, делателю Иисусовой молитвы. 23 мая 1850 года указом Духовной консистории его включили в число штатных послушников монастыря.
Смиренно, безропотно, с терпением нес Иван общие монастырские послушания. Потом был помощником погребного. С погреба его перевели в слесарную мастерскую. Свободное от трудов время послушник Иван посвящал чтению душеспасительных книг и назидательным беседам со старцем. В 1851 году он был пострижен в рясофор, а в 1852-м — назначен помощником монастырского духовника для принятия откровения помыслов новоначальных. Исполняя обязанности наставника и руководителя монашеской жизни, он отличался любовью к своим ученикам, близко принимал к сердцу их скорби и был твердым заступником перед начальством, если кто-то из братии был оклеветан либо навлекал гнев необдуманным или малодушным поступком.
Одновременно он исполнял обязанности помощника эконома. С 1852 по 1854 годы, при постройке скита во имя Всех святых, ему были поручены работы по слесарной и кровельной части. 14 марта 1854 года игумен Дамаскин совершил над ним монашеский постриг с именем Ионафан. В следующем году, 25 марта, монах Ионафан был рукоположен во иеродиакона, а 22 декабря — во иеромонаха. В 1856 году умер его старец и учитель монах Памва, и на откровение помыслов он стал ходить к самому игумену Дамаскину.
Игумен Дамаскин, предвидя в нем своего преемника, постепенно вводил его в дела управления обширным монастырским хозяйством. Отец Ионафан терпеливо и безропотно нес возложенное на него послушание, никогда не жаловался, в скорбях всегда решительно говорил: "Так Бог возвестил отцу игумену". В 1862 году по благословению игумена Дамаскина отец Ионафан принялся за строительство водопровода. На Валааме не раз поднимался вопрос о водоснабжении монастыря с помощью водозаборных механизмов, так как доставка воды на лошадях была крайне затруднительна. Братия носила воду по крутому спуску от залива на вершину монастырской горы. Зимой, при глубоком снеге или в гололедицу, подъем по обледенелой тропинке становился крайне тяжелым и опасным. Нужен был водопровод, но высота и крепость гранита, в недрах которого должны были быть проложены трубы и установлены подъемные двигатели, делали невозможным осуществления проекта. Над намерениями братии построить водопровод своими силами инженеры только посмеялись. Отцу Ионафану много пришлось претерпеть нареканий и насмешек, недовольства и даже ропота от братии, прежде чем был проложен водопровод. 6 августа 1862 года за усердие в возложенном на него послушании отец Ионафан был награжден набедренником, а в 1871-м удостоен золотого наперсного креста от Святейшего Синода выдаваемого. 31 января 1877 года Указом Духовной консистории отец Ионафан был утвержден членом временного правления монастырем, а затем указом от 14 апреля 1879 года избран наместником. После смерти игумена Дамаскина 18 июля 1881 года митрополитом Новгородским, Санкт-Петербургским, Эстляндским и Финляндским Исидором он был посвящен в сан игумена и награжден палицей.
Выше всего в монастырской жизни он ставил послушание. Однажды, будучи послушником, он пришел к своему старцу, монаху Памве: "Вот, батюшка, мне один монах дал просфору, можно ли мне ею воспользоваться?". "Да как же ты мог взять ее без благословения? — рассердился старец. — Тотчас же поди к отцу игумену, отнеси просфору и попроси от него прощения за свой необдуманный поступок". Игумен Дамаскин наставил его поучением о силе послушания и нестяжания, объясняя, что монахи должны трудиться не за мзду, а ради Бога, а принимая от кого что-либо и желая отплатить подарок, сам того не замечая, подвизающийся может пойти против правил устава общежития. "Знай, — закончил свое назидание игумен, — что за просфору ты продал свою совесть. Снеси же просфору обратно тому, от кого взял, и впредь будь осторожнее". Как ни тяжело было это благословение, послушник безропотно его исполнил.
Однажды братия со скотного двора высказала ему свою скорбь, что не всякий раз удается сходить в баню. "Эх, дети, — заметил отец Ионафан, — что вам заботиться о внешней чистоте тела, которое можно во всякое время омыть; не лучше ли подумать о внутренней чистоте души, нечистота которой бывает иногда едва заметна, между тем она вреднее всякого навоза, приставшего к телу извне".
Игумен Ионафан, в детстве испытав не себе всю тягость сиротства, охотно принимал в монастырь способных к труду мальчиков-подростков, чаще сирот и детей бедных родителей. Дети учились в монастырской школе грамоте, а в мастерских — различным ремеслам. Игумен искренно радовался за тех, которые, проведя в обители юношеские годы, оставались в ней и принимали монашество. Одним из них был будущий настоятель обители игумен Гавриил, поступивший в монастырь еще отроком.
При игумене Ионафане был выстроен второй кирпичный, смоляной и кожевенный заводы, хлебный амбар и скотный двор с фермой и всеми службами. Для доставки из Петербурга необходимых для монастыря грузов построен корабль. Расчищены, осушены от болот и распаханы годные для посевов и покосов участки земли. Особенным вниманием игумена Ионафана пользовалась монастырская библиотека. Его стараниями она пополнилась более чем на 1500 книг.
Но самым главным в строительной деятельности игумена Ионафана стал выстроенный им вчерне каменный Спасо-Преображенский собор с колокольней. Храм величественно поднял свои главы с крестами, но дни игумена были уже сочтены.
Летом 1890 года игумен Иоанафан почувствовал недомогание. В начале января 1891 года, отслужив в последний раз литургию на праздник Крещения Господня, старец ослаб настолько, что окончательно занемог и больше не выходил из кельи.
Предчувствуя близкую кончину, он все дела по управлению обителью передал отцу казначею. Пособоровшись и причастившись Святых Христовых Таин, 20 января в 5 часов утра, в тот самый момент, когда в соборе на утрени пели великое славословие, игумен Ионафан тихо скончался. Его могила, осеняемая гранитным крестом, находится за алтарем церкви на Игуменском кладбище, рядом с могилой его предшественника игумена Дамаскина.